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蛋白質只是一個總稱, 是由氨基酸構成, 而氨基酸有二十餘種, 它們就像字母排列一樣, 不同的氨基酸排列構成不同的蛋白質。黃豆中的蛋白質和米的蛋白質不同, 豬肉的蛋白質和牛奶的蛋白質不同, 但不管是哪一種蛋白質﹐吃到肚子裏面就會消化成這二十餘種氨基酸﹐這些氨基酸再依需要重新排列, 合成所需的蛋白質與酵素。有些氨基酸可以在肝臟內由其它的氨基酸轉換而成, 稱為非必需氨基酸, 有些氨基酸肝臟沒辦法自己合成, 必需由食物取得, 稱為必需氨基酸。
蛋白質只是一個總稱, 是由氨基酸構成, 而氨基酸有二十餘種, 它們就像字母排列一樣, 不同的氨基酸排列構成不同的蛋白質。黃豆中的蛋白質和米的蛋白質不同, 豬肉的蛋白質和牛奶的蛋白質不同, 但不管是哪一種蛋白質﹐吃到肚子裏面就會消化成這二十餘種氨基酸﹐這些氨基酸再依需要重新排列, 合成所需的蛋白質與酵素。有些氨基酸可以在肝臟內由其它的氨基酸轉換而成, 稱為非必需氨基酸, 有些氨基酸肝臟沒辦法自己合成, 必需由食物取得, 稱為必需氨基酸。
因此營養學家在評估蛋白質的品質優劣與否, 就是看必需氨基酸的比例是否合乎動物所需要。一般來說, 動物性蛋白質的品質比植物性蛋白質來得好, 但也有例外, 例如魚翅及動物膠質（如豬腳雞爪等）就是很差的蛋白質。植物性蛋白質通常是缺了一兩樣必需氨基酸。
食物過敏的發生幾率與食物中蛋白質的含量多少無關, 而是與食物蛋白質原料的消化率的高低有關。蛋白質在體內完全消化後產生氨基酸和肽, 氨基酸和肽的構造相當簡單, 不會被體內的免疫系統視為抗原。所以, 如果飲食中採用極容易被犬貓消化分解的動物性蛋白質作為蛋白質的原料, 那麼就沒有必要減低食物中的潛在抗原的數量而限制飲食蛋白質含量。但是, 如果飲食中採用不易被犬貓消化的蛋白質作為原料, 那麼即使食物中的蛋白質含量相當低, 犬貓發生食物過敏的機率仍然相當高。
